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用R畫存活曲線Survival curve // 有完沒完RRR

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在R中有蠻多畫存活曲線相關的套件，我的初版程式是使用ggfortify套件，但後來Editor要求要在圖上加Number at risk的資訊，查了一下發現ggfortify套件沒有這個功能，又不想手動加，就重新搜尋了資源，找到一篇介紹survminer套件的文章，也是以ggplot套件為做圖基礎，方便之後調整格式，最後成功完成完整的survival plot。 本介紹文以survminer R package: Survival Data Analysis and Visualization為基礎，並衍伸其他條件設定的教學。 以下介紹用survminer套件 (官方說明文件) 畫存活曲線的步驟 首先載入survminer套件以及處理資料必須的survival套件 (需要套件中的Surv()函數) 以survival套件內附的lung資料為例，資料包括: (以下資料翻譯自survival套件說明文件) 在準備完資料後，可用survfit()函數製作存活模型，並以ggsurvplot()函數繪製存活曲線，survfit()函數的重要參數包括 以最簡單的單一族群存活區限為例，想要畫這個資料集中所有病人的存活曲線，其實就是不分組的意思，可將分組依據設定成單一數字1，如下列範例 以此類推，若想用性別做分組，也就是男生畫一條存活曲線，女生也畫一條，並放在同一張圖上，此時就將性別sex做為分組依據，如下範例 將ggsurvplot()函數的pval參數設定為TRUE，即可在圖中加上兩組檢定的P value，這個P value也可以用surv_pvalue()函數取得，預設的檢定方法為log-rank test，若想要修改，也可以透過設定pval.method參數修改。 可進一步用pval.coord = c(100, 0.03)調整P value顯示位置 若生存曲線圖形要加上信賴區間的話，可設定conf.int = TRUE 將ggsurvplot()函數的risk.table參數設定為TRUE，即可在圖中加上number of risk 表格 若不想要number of risk 表格Y軸文字的顏色，可將risk.table.y.text.col參數設成FALSE 可分為存活曲線調整與number at risk表格調整，調整參數如下 若想改Number at risk表格的

因為研究需要，搜尋了用R畫存活曲線的方法，並調整了圖形參數以及將多張存活曲線圖合併排列，整理成此篇文章。 什麼是存活曲線? 簡單來說，就是將沒發生事件的比例當x軸，時間當y軸所繪製出的圖形。可參考維基百科的說明。 用R畫存活曲線所需套件 在R中有蠻多畫存活曲線相關的套件，我的初版程式是使用ggfortify套件，但後來Editor要求要在圖上加Number at risk的資訊，查了一下發現ggfortify套件沒有這個功能，又不想手動加，就重新搜尋了資源，找到一篇介紹survminer套件的文章，也是以ggplot套件為做圖基礎，方便之後調整格式，最後成功完成完整的survival plot。 本介紹文以survminer R package: Survival Data Analysis and Visualization為基礎，並衍伸其他條件設定的教學。 以下介紹用survminer套件 (官方說明文件) 畫存活曲線的步驟 首先載入survminer套件以及處理資料必須的survival套件 (需要套件中的Surv()函數) library(survival) library(survminer) 範例資料 以survival套件內附的lung資料為例，資料包括: (以下資料翻譯自survival套件說明文件) inst: 機構代碼 time:…

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